Предисловие | 3 |
Введение | 5 |
|
Г Л А В А 1 |
КИНЕТИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ РОСТА КУЛЬТУР МИКРООРГАНИЗМОВ | 7 |
|
1.1. Зависимость скорости роста культур микроорганизмов от |
концентрации лимитирующего субстрата. «Макроскопический» подход | 9 |
1.1.1. Простейшая схема взаимодействия клетки с субстратом | 9 |
1.1.2. Схема с равновесным «насыщением» клеток микроорганизма |
субстратом | 11 |
1.1.3. Схема с необратимой трансформацией субстрата в клетке | 13 |
1.1.4. Упрощённые методы анализа кинетики и механизмов |
автокаталитического роста микроорганизмов. Метод малого |
параметра | 19 |
1.1.5. Репликация, транскрипция, трансляция в кинетике роста |
микробной культуры | 25 |
1.2. Зависимость скорости роста культур микроорганизмов от |
концентрации лимитирующего субстрата. «Микроскопический» подход | 31 |
1.2.1. Простейшая схема | 31 |
1.2.2. Многостадийность трансформации субстрата | 34 |
1.2.3. Многостадийность клеточного развития | 35 |
1.2.4. Влияние процессов переноса на кинетику роста популяции | 37 |
1.2.5. Старение клетки в процессе роста | 39 |
1.2.6. Кинетика роста микробной клетки с ускорением | 43 |
ДНК-зависимая стадия конверсии лимитирующего субстрата | 44 |
ДНК-зависимый репликационный процесс | 44 |
ДНК-зависимые как ферментативная, так и репликационная стадии | 46 |
1.3. Пределы скорости роста культур микроорганизмов | 48 |
|
Г Л А В А 2 |
ЭКСПОНЕНЦИАЛЬНАЯ ФАЗА РОСТА КУЛЬТУР МИКРООРГАНИЗМОВ | 52 |
|
2.1. Определение параметров роста культуры | 52 |
2.2. Многосубстрактные микробные процессы | 56 |
2.3. Простейшие кинетические схемы | 57 |
2.4. Обобщённая модель многосубстрактного микробного процесса | 61 |
2.5. Многосубстрактность в кинетике роста M. thermoautotrophicum | 64 |
2.6. Ингибирование и активация роста микроорганизмов | 66 |
2.6.1. Общая схема действия обратимых эффекторов на кинетику |
роста микроорганизмов | 68 |
2.7. Влияние pH на кинетику роста микроорганизмов | 71 |
|
Г Л А В А 3 |
ИНТЕГРАЛЬНАЯ ФОРМА УРАВНЕНИЯ РОСТА МИКРОБНОЙ ПОПУЛЯЦИИ | 78 |
|
3.1. Замедление скорости роста культуры микроорганизмов при большой |
плотности популяции | 78 |
3.2. Интегральная форма уравнения роста культуры микроорганизмов | 81 |
1. Рост в условиях первого порядка по субстрату | 84 |
2. Рост в условиях нулевого порядка по субстрату | 85 |
3.3. Приближённый метод анализа интегральной кинетической кривой |
роста популяции микроорганизмов при больших глубинах конверсии |
субстрата | 87 |
3.4. Примеры анализа экспериментальных кривых роста популяции | 91 |
3.5. Разностный метод анализа полных кинетических кривых роста |
микроорганизмов | 94 |
3.6. Кинетические механизмы ограничения клеточного роста | 97 |
3.6.1. Кинетические модели роста микробной культуры с появлением |
субпопуляции, потерявшей способность к размножению | 98 |
Прогрессирующая некомпетентность | 99 |
Запрограммированный отказ | 101 |
3.6.2. Сравнение и дискриминация кинетических моделей |
ограничения клеточного роста | 103 |
|
Г Л А В А 4 |
ИНГИБИРОВАНИЕ РОСТА ПОПУЛЯЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ИЗБЫТКОМ |
СУБСТРАТА | 107 |
|
4.1. Кинетические модели роста с ингибированием субстратом | 107 |
4.1.1. Простейшая кинетическая схема | 107 |
4.1.2. Двухстадийная кинетическая схема | 109 |
4.1.3. Трёхстадийные кинетические схемы | 110 |
4.2. Определение параметров роста популяции микроорганизмов в |
экспоненциальной фазе при ингибировании процесса высокими |
концентрациями субстрата | 115 |
4.3. Анализ полной кинетической кривой роста | 117 |
|
Г Л А В А 5 |
ИНГИБИРОВАНИЕ РОСТА ПОПУЛЯЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ |
ПРОДУКТАМИ ФЕРМЕНТАЦИИ | 122 |
|
5.1. Кинетические модели ингибирования продуктом | 122 |
5.1.1. Ингибирование продуктом на стадии взаимодействия |
субстрата с клеткой | 122 |
5.1.2. Ингибирование продуктом на стадии деления клетки | 127 |
5.1.3. Одновременное ингибирование продуктом обеих стадий | 128 |
5.1.4. Трёхстадийная схема | 130 |
5.1.5. Многостадийная схема | 134 |
5.2. Анализ полных кинетических кривых роста | 136 |
5.2.1. Конкурентное ингибирование продуктом реакции | 136 |
5.2.2. Неконкурентное ингибирование продуктом | 138 |
5.3. Определение механизма ингибирования из вида кинетической кривой |
роста популяции микроорганизмов | 140 |
|
Г Л А В А 6 |
ПЕРИОДЫ ИНДУКЦИИ НА КИНЕТИЧЕСКИХ КРИВЫХ |
РОСТА МИКРООРГАНИЗМОВ | 147 |
|
6.1. Трансформация пресубстрата в субстрат | 148 |
6.2. Адаптационный процесс | 150 |
6.3. Расходуемый ингибитор роста | 153 |
6.4. Дискриминация механизмов и определение кинетических параметров | 154 |
|
Г Л А В А 7 |
КУЛЬТИВИРОВАНИЕ МИКРООРГАНИЗМОВ В РЕЖИМЕ |
ХЕМОСТАТА | 160 |
|
7.1. Неосложнённый рост | 160 |
7.1.1. Определение параметров роста культуры из данных по |
стационарным состояниям компонентов процесса | 164 |
Изучение зависимости стационарной концентрации субстрата |
от скорости разбавления | 164 |
Изучение зависимости стационарной концентрации биомассы от |
скорости разбавления и вводимой концентрации субстрата | 165 |
7.2. Ингибирование субстратом | 167 |
7.2.1. Стационарные уровни концентрации субстрата | 168 |
7.2.2. Стационарные уровни концентрации биомассы и продукта |
ферментации | 171 |
7.3. Ингибирование продуктом | 174 |
7.3.1. Конкурентное ингибирование продуктом | 175 |
Стационарная концентрация субстрата | 179 |
Стационарный уровень биомассы | 180 |
7.3.2. Неконкурентное ингибирование продуктом | 182 |
7.3.3. Ингибирование ионами водорода | 185 |
|
Г Л А В А 8 |
ИССЛЕДОВАНИЕ КИНЕТИКИ РОСТА МИКРОБНЫХ |
ПОПУЛЯЦИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЭВМ | 191 |
|
8.1. Численное интегрирование уравнения скорости роста микробной |
популяции | 192 |
8.1.1. Уравнение скорости роста в безразмерных переменных | 194 |
8.1.2. Метод двойного зеркального отражения | 196 |
Ингибирование субстратом | 197 |
Ингибирование продуктом | 198 |
8.2. Рост культуры при наличии процесса лизиса клеток | 199 |
8.3. Кинетические закономерности репликации плазмид в растущей |
популяции E. coli | 201 |
8.3.1. Кинетическая модель роста микробной популяции | 203 |
8.3.2. Кинетические закономерности роста числа плазмид | 204 |
8.3.3. Кинетическая модель репликационных процессов в системе |
с плазмидой | 207 |
8.4. Культивирование фототрофных микроорганизмов | 210 |
8.4.1. Зависимость скорости фотосинтеза от интенсивности света в |
плотностатном режиме | 210 |
8.4.2. Периодическое культивирование фотосинтезирующих |
микроорганизмов | 221 |
8.4.3. Фотосинтезирующая культура в режиме хемостата | 226 |
8.5. Симбиотические ассоциации микроорганизмов | 229 |
8.5.1. Ассоциация двух микроорганизмов | 230 |
8.5.2. Ассоциация трёх микроорганизмов | 233 |
8.5.3. Симбиотическая метагенерирующая ассоциация | 236 |
|
Г Л А В А 9 |
ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ ИЗМЕРЕНИЙ В МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ |
ИССЛЕДОВАНИЯХ | 249 |
|
9.1. Типы погрешностей измерений | 249 |
9.2. Связь систематической и случайной погрешностей | 250 |
9.3. Случайные погрешности. Нормальный закон распределений | 251 |
9.4. Генеральная и выборочная совокупности. Расчёт среднего и |
дисперсии по выборочным данным | 255 |
9.5. Закон сложения случайных погрешностей | 256 |
9.6. Оценка параметров генеральной совокупности на основании |
выборочных данных. Методы интервального оценивания | 258 |
9.7. Необходимое число измерений | 263 |
9.8. Обнаружение промахов | 264 |
9.9. Оценка точности результатов косвенных измерений | 266 |
9.10. Оценка параметров линейной зависимости методами регрессионного |
анализа | 268 |
|
Заключение | 271 |
Задачи | 273 |
Ответы и решения | 284 |
Литература | 291 |
Предметный указатель | 293 |