Предисловие к русскому изданию | 5 |
Введение | 7 |
|
Ч а с т ь I |
МЕТОД МОЛЕКУЛЯРНЫХ ОРБИТ |
|
I. Почему именно метод молекулярных орбит? | 11 |
II. Основные понятия | 16 |
I. Квантовомеханическое описание поведения электрона | 16 |
1. Волновая функция | 17 |
2. Волновое уравнение | 18 |
3. Спин | 20 |
4. Электрон в поле одного ядра: атом водорода и атомные орбиты | 21 |
A. Общие соображения | 21 |
Б. Основное состояние: описание атомной орбиты | 22 |
B. Возбужденные состояния (s-, p- и d-орбиты) | 24 |
Г. Общее рассмотрение атомных орбит | 26 |
5. Электрон в поле двух ядер: понятие молекулярных орбит | 26 |
A. Общее рассмотрение | 26 |
Б. σ-Орбиты | 28 |
B. π-Орбиты | 29 |
II. Описание многоэлектронных систем | 29 |
1. Принцип квантовой механики для систем частиц | 29 |
2. «Приближение индивидуальных орбит» для решения многоэлектронной |
задачи. Принцип построения электронных оболочек | 30 |
3. Вариационный метод | 33 |
А. Принцип метода | 33 |
Б. Пример расчёта | 34 |
III. Атомные орбиты | 35 |
1. Строение многоэлектронных атомов | 35 |
2. Валентная оболочка: валентные электроны и неподелённые пары | 38 |
3. Валентные состояния и гибридизация | 39 |
4. Электроотрицательность | 41 |
IV. Приближение ЛКАО метода молекулярных орбит | 42 |
1. Основной принцип метода | 42 |
2. Вариационный метод в случае линейных пробных функций | 44 |
3. ЛКАО-молекулярные орбиты для двухатомных молекул | 46 |
А. Приближения ЛКАО для одноэлектронной задачи | 46 |
Б. Двухатомные молекулы | 50 |
4. Многоатомные молекулы | 52 |
А. Локализованные и нелокализованные (делокализованные) связи | 52 |
Б. Структура важнейших органических соединений | 55 |
Литература | 56 |
III. Молекулы с сопряжёнными связями | 57 |
I. Делокализованные π-электроны и многоцентровые молекулярные орбиты | 57 |
II. Основные принципы приближения ЛКАО для сопряжённых систем | 59 |
III. Хюккелевское приближение для углеводородов | 61 |
1. Допущения | 61 |
2. Запись и решение вековых уравнений | 62 |
А. Примеры и обозначения | 62 |
Б. Использование молекулярной симметрии | 63 |
3. Значения энергий и энергетические индексы молекулярных орбит | 70 |
4. Структурные индексы | 72 |
A. Электронные заряды | 72 |
Б. Порядок связей | 73 |
B. Индексы свободной валентности | 74 |
IV. Пути улучшения хюккелевского приближения | 76 |
V. Молекулы, содержащие гетероатомы и заместители | 80 |
1. Общая схема расчёта | 80 |
2. Типы заместителей и гетероатомов | 81 |
3. Выбор параметров | 85 |
А. Общие соображения | 85 |
Б. Численные значения | 89 |
4. Примеры расчётов | 93 |
5. Энергетические и структурные индексы | 97 |
Литература | 99 |
IV. Важнейшие приложения индексов электронной структуры | 102 |
I. Энергия резонанса | 102 |
1. Кетоенольная таутомерия | 104 |
2. Окислительно-восстановительные потенциалы обратимых систем | 106 |
3. Образование и устойчивость свободных радикалов | 106 |
4. Кислотность и основность | 107 |
5. Устойчивость продуктов химических реакций | 108 |
II. Энергия высшей заполненной и низшей свободной молекулярных орбит | 110 |
1. Электроно-донорные свойства | 110 |
2. Электроно-акцепторные свойства | 113 |
3. Комплексы с переносом заряда | 115 |
III. Энергия возбуждения (перехода) | 117 |
IV. Диамагнитная анизотропия | 122 |
V. Электронные заряды | 123 |
VI. Порядки связей | 124 |
VII. Химическая реакционная способность | 129 |
1. Приближение изолированных молекул | 129 |
2. Приближение реагирующей молекулы | 132 |
3. Соотношение между двумя приближениями | 139 |
VIII. Другие случаи использования индекса свободной валентности | 141 |
IX. Об использовании метода молекулярных орбит в биохимии | 146 |
Литература | 149 |
|
Ч а с т ь I I |
ЭЛЕКТРОННАЯ СТРУКТУРА ВАЖНЕЙШИХ БИОХИМИЧЕСКИХ ВЕЩЕСТВ |
|
V. Пурины, пиримидины и субмолекулярная структура нуклеиновых кислот | 155 |
I. Структура молекул нуклеиновых кислот | 155 |
II. Биохимическая роль нуклеиновых кислот | 162 |
III. Другие биологически важные пурины и пиримидины | 163 |
1. Пурины и пиримидины, играющие важную роль в метаболизме | 164 |
А. Пурины | 164 |
Б. Пиримидины | 167 |
2. Изомеры | 168 |
IV. Таутомерные превращения пуринов и пиримидинов | 169 |
V. Значение энергии резонанса | 172 |
VI. Электроно-донорные и электроно-акцепторные свойства | 177 |
VII. Свойства локальных участков структуры | 183 |
VIII. Свойства атомов углерода | 183 |
IX. Свойства атомов азота кольца | 188 |
1. Атомы азота пиридиновоготипа | 188 |
2. N(9) пуринов и N(1) пиримидинов | 193 |
X. Противоопухолевая активность пуриновых антиметаболитов | 194 |
XI. Реакции, проходящие с участием аминогрупп пуринов и пиримидинов | 200 |
XII. Образование комплексов с металлами | 203 |
XIII. Механизм метаболического распада пуринов под действием ксантин-оксидазы | 207 |
XIV. Действие излучения на структуру | 213 |
1. Общие вопросы | 213 |
2. Экспериментальные данные | 215. |
3. Интерпретация экспериментальных данных | 219 |
XV. Другие реакции | 224 |
XVI. Общие замечания | 226 |
Литература | 230 |
VI. Белки как сопряжённые системы | 240 |
I. Молекулярная структура белков | 240 |
II. Биохимическая роль белков | 245 |
III. Существование энергетических зон и полупроводимость белков | 247 |
1. Основная гипотеза | 247 |
2. Проводники и изоляторы | 247 |
3. Полупроводниковые свойства белков | 250 |
4. Квантовомеханические расчёты электронных состояний белков | 251 |
5. Пептидный свободный радикал | 257 |
IV. Некоторые электронные свойства ароматических аминокислот, входящих |
в состав белка | 259 |
1. Общие замечания | 259 |
2: Электроно-донорные свойства триптофана | 261 |
3. Метаболизм триптофана | 264 |
4. Некоторые замечания об остальных ароматических аминокислотах | 267 |
Литература | 270 |
VII. Макроэргические соединения | 273 |
I. Основные понятия биоэнергетики | 273 |
1. Изменение свободной энергии | 273 |
2. Свободная энергия активации | 274 |
3. Некоторые особенности ΔF | 276 |
4. Сопряжение реакций | 277 |
II. Основные типы богатых энергией соединений | 283 |
1. Богатые энергией фосфаты | 283 |
A. Основные типы | 283 |
Б. Теория «макроэргичности» | 287 |
B. Фосфаты как электрофильные реагенты | 299 |
Г. Структура АТФ | 302 |
2. Другие типы богатых энергией фосфатов | 303 |
А. Ацилтиоэфиры | 303 |
Б. Ацетилимидазол | 307 |
В. Ониевые соединения [54] | 308 |
Литература | 309 |
VIII. Птеридины | 312 |
I. Роль птеридинов в биохимических процессах | 312 |
II. Метаболизм рибофлавина и фолиевой кислоты | 313 |
1. Синтез и распад рибофлавина | 313. |
2. Синтез и распад фолиевой кислоты | 315 |
III. Электронные характеристики | 317 |
1. Изомеризация и таутомеризация птеридинов | 317 |
2. Роль энергии резонанса | 318 |
3. Электроно-донорные и электроно-акцепторные свойства птеридинов | 320 |
4. Реакционная способность атомов углерода птеридинов | 321 |
5. Электронные характеристики атомов азота | 323 |
А. Атомы азота пиримидинового типа | 323 |
Б. Атомы азота пиррольного типа | 324 |
6. Ферментативное окисление птеридинов ксантиноксидазой | 326 |
Литература | 327 |
IX. Порфирины и желчные пигменты | 329 |
I. Порфирины | 329 |
1. Общий обзор | 329 |
2. Электронная структура порфиринов, не содержащих металла | 331 |
3. Общая характеристика комплексов порфиринов с железом | 337 |
4. Расчёты комплексов порфиринов с железом по методу молекулярных орбит | 340 |
A. Образование молекулярных орбит комплекса | 340 |
Б. Энергетический спектр | 341 |
B. Распределение электронных зарядов | 343 |
II. Желчные пигменты | 345 |
Литература | 351 |
X. Сопряжённые биохимические полиены | 353 |
I. Каротиноиды и витамины А | 353 |
1. Общие представления | 353 |
2. Превращение каротиноидов в витамин A in vivo | 357 |
A. Витамин А | 357 |
Б. Механизм превращения каротиноидов в витамин А | 357 |
B. Связь структуры провитамина А с его активностью | 366 |
II. Ретинены и зрительные пигменты | 370 |
1. Состав зрительных пигментов | 370 |
2. ll-цuc-Изомер ретинена в родопсине | 372 |
3. Электронная структура различных изомеров ретинена | 378 |
Литература | 379 |
XI. Хиноны | 382 |
I. Общие свойства | 382 |
1. Окислительно-восстановительные свойства хинонов | 383 |
А. Экспериментальные данные | 383 |
Б. Корреляция с теоретически полученными величинами | 385 |
2. Хиноны в комплексах с переносом заряда | 388 |
3. Реакционная способность хинонов | 389 |
А. Электронные индексы | 389 |
Б. Характерные реакции хинонов | 391 |
II. Некоторые наиболее важные в биологическом отношении хиноны | 393 |
1. Витамин К | 393 |
A. Определение | 393 |
Б. Роль в процессе свёртывания крови | 394 |
B. Другие возможные функции витамина К | 397 |
2. Убихинон (кофермент Q) и родственные ему соединения | 397 |
3. Витамин Е | 398 |
А. Основные свойства | 398 |
Б. Способность витамина Е и других фенольных производных к |
ингибированию процессов окисления | 399 |
III. Зонная структура меланинов | 401 |
Литература | 403 |
|
Ч а с т ь I I I |
ЭЛЕКТРОННЫЕ АСПЕКТЫ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ |
|
XII. Общее рассмотрение ферментативных реакций | 409 |
Литература | 412 |
XIII. Окислительно-восстановительные ферменты | 413 |
I. Цепь переноса электрона | 413 |
II. Электроно-донорные и электроно-акцепторные свойства дыхательных |
коферментов | 420 |
III. Механизм действия пиридинпротеидов | 422 |
1. Наиболее характерные реакции | 422 |
2. Химические аспекты ферментативных реакций | 422 |
3. Интерпретация экспериментальных данных на основе электронных |
представлений | 425 |
IV. Механизм действия флавопротеидов | 431 |
1. Основные реакции | 431 |
2. Химические аспекты действия флавопротеидов | 433 |
3. Рассмотрение флавиннуклеотидов на электронном уровне | 437 |
V. Молекулярные орбиты и окислительно-восстановительные потенциалы | 441 |
VI. Окислительно-восстановительные свойства органических красителей, |
имеющих биохимическое значение | 443 |
VII. Цитохромы | 446 |
VIII. Окислительное фосфорилирование | 448 |
Литература | 453 |
XIV. Коферменты группы фолиевой кислоты | 459 |
I. Общие свойства | 459 |
II. Основные метаболические реакции, катализируемые коферментами |
группы фолиевой кислоты | 460 |
А. Реакции, связанные с метаболизмом нуклеиновых кислот | 460 |
Б. Реакции, связанные с метаболизмом белков | 461 |
III. Основные функции коферментов группы фолиевой кислоты: общее рассмотрение | 462 |
IV. Коферменты группы фолиевой кислоты как переносчики одноуглеродных |
групп (экспериментальные данные) | 464 |
1. ФН4 как акцептор одноуглеродных групп | 464 |
A. Реакции, для которых ФН4 служит единственным кофактором | 464 |
Б. Реакции, для протекания которых, помимо ФН4, необходим |
дополнительный активатор К+ или АТФ | 466 |
B. Химические реакции ФН4 с группами С1 в сильнокислой среде | 467 |
Г. Вывод | 468 |
2. ФН4 как донор одноуглеродных групп | 468 |
V. Коферменты группы фолиевой кислоты как переносчики |
одноуглеродных групп (электронные аспекты) | 469 |
1. Общие замечания относительно расчётов по методу молекулярных |
орбит фолиевой кислоты и её производных | 469 |
2. ФН4 как акцептор одноуглеродных групп | 470 |
3. ФН4 как донор одноуглеродных групп | 474 |
VI. Коферменты фолиевой кислоты как субстраты для |
окисления-восстановления одноуглеродных групп | 478 |
VII. Окислительно-восстановительные превращения коферментов фолиевой |
кислоты | 479 |
1. ФН4 как кофермент при восстановлении одноуглеродных групп | 479 |
2. Превращение Ф ФН4 | 480 |
3. Механизм окислительно-восстановительных превращений | 481 |
VIII. Антиметаболиты фолиевой кислоты | 483 |
1. Типы антиметаболитов фолиевой кислоты | 483 |
2. Электронная структура и механизм действия антиметаболитов |
фолиевой кислоты | 485 |
Литература | 491 |
XV. Пиридоксальфосфат как простетическая группа | 495 |
I. Общие вопросы | 495 |
II. Краткое описание теории Браунштейна-Снелла | 496 |
III. Интерпретация механизма рассматриваемых реакций с электронной точки |
зрения | 499 |
1. Общие замечания относительно квантовомеханических расчётов |
пиридоксальфосфата | 499 |
2. Структура начального шиффова основания | 500 |
3. Реакции, связанные с лабилизацией α-протона | 501 |
A. Переаминирование | 501 |
Б. Реакция рацемизации | 506 |
B. Реакции α — β-отщепления | 507 |
Г. Реакции γ-отщепления | 510 |
4. Реакции, связанные с лабилизацией карбоксильной α-группы | 512 |
5. Реакции, связанные с лабилизацией группы R в аминокислотах | 513 |
6. Заключение | 514 |
Литература | 515 |
XVI. Реакции, катализируемые тиаминпирофосфатом | 517 |
I. Основные функции ферментов, содержащих тиаминпирофосфат | 517 |
II. Механизмы действия тиаминпирофосфата | 520 |
III. Электронные аспекты механизма действия тиаминпирофосфата | 523 |
1. Расчёты | 523 |
2. Результаты | 524 |
Литература | 532 |
XVII. Ферментативный гидролиз | 534 |
I. Основные особенности субстратов, подвергающихся ферментативному |
гидролизу | 534 |
II. Общие свойства активных участков гидролитических ферментов | 543 |
III. Электронная структура и активность фосфорорганических ингибиторов |
эстераз | 544 |
Литература | 545 |
XVIII. Заключение: делокализация электронов и жизненные процессы | 546 |
Литература | 547 |
|
Приложение | 549 |