Часть первая |
ЭЛЕКТРОФОРЕЗ |
|
Введение | 3 |
|
Глава 1 |
Гели для электрофореза | 7 |
Полиакриламидный гель (ПААГ) | 7 |
Исходные материалы | 7 |
Процесс полимеризации ПААГ | 10 |
Выбор концентраций мономеров | 13 |
Агароза | 16 |
Смешанный гель (агароза+ПААГ) | 20 |
Ацетатцеллюлозная плёнка, импрегнированная ПААГ | 21 |
|
Глава 2 |
Техника приготовления гелей и аппаратура | 21 |
Вертикально расположенные трубки | 21 |
Вертикально расположенные пластины | 26 |
Горизонтально расположенные пластины | 32 |
|
Глава 3 |
Электрофорез белков | 37 |
Замечания общего характера | 37 |
Миграция белков в геле | 37 |
Напряжённость электрического поля (H) | 38 |
Выбор буфера рабочего геля | 40 |
Выделение тепла при электрофорезе | 42 |
Загрузка геля. Ширина белковых зон | 44 |
Введение мочевины и β-меркаптоэтанола. Некоторые артефакты | 46 |
Лидирующие красители | 47 |
Разделение белков по размерам и заряду | 48 |
Выбор рабочего буфера | 48 |
Использование мочевины | 50 |
Загрузка геля и подготовка препарата | 52 |
Некоторые примеры | 53 |
Разделение белков по размеру с использованием ДДС-Na | 56 |
Существо метода | 56 |
Выбор пористости геля | 59 |
Присутствие мочевины и неполных детергентов | 60 |
Выбор рабочего буфера геля | 61 |
Подготовка белкового препарата | 62 |
Проведение электрофореза | 63 |
Окрашивание и элюция белков | 64 |
Ступенчатый электрофорез (disc-electrophoresis) | 66 |
Градиент пористости ПААГ | 73 |
Двумерный электрофорез в ПААГ | 76 |
Электрофорез с использованием Тритона Х-100 и цетавлона | 83 |
Тритон Х-100 | 83 |
Цетавлон | 85 |
Окрашивание белков в ПААГ | 88 |
Кислые красители | 90 |
Другие красители и методы окрашивания | 94 |
Флюоресцентные красители | 97 |
Локализация ферментов после электрофореза | 101 |
Локализация белковых полос осаждением ДДС-Na | 104 |
Элюция белков из геля | 105 |
Определение радиоактивности белков после электрофореза в ПААГ | 109 |
Счёт радиоактивности в элюатах белка | 109 |
Растворение ПААГ | 110 |
Импрегнирование сцинтиллятора в гель | 111 |
Авторадиография | 112 |
Флюорография | 113 |
Препаративный электрофорез белков | 116 |
|
Глава 4 |
Электрофорез нуклеиновых кислот | 120 |
Замечания общего характера | 120 |
Выбор буфера геля и напряжённости электрического поля | 120 |
Выбор характера геля и его пористости | 121 |
Влияние вторичной структуры | 123 |
Маркерные молекулы | 125 |
Лидирующие красители | 126 |
Электрофорез в мягких условиях | 126 |
Фракционирование плазмид и фрагментов ДНК | 126 |
Фракционирование РНК | 128 |
Электрофорез в денатурирующих гелях | 128 |
Щелочные гели | 129 |
Гели, содержащие мочевину. Секвенирование ДНК и РНК | 131 |
Денатурирующие гели с формамидом | 135 |
Денатурирующие гели с формальдегидом | 138 |
Гели, содержащие гидроокись метилртути | 140 |
Денатурация нуклеиновых кислот глиоксалем | 142 |
Использование градиентов пористости ПААГ | 142 |
Двумерный электрофорез нуклеиновых кислот и их фрагментов | 144 |
Некоторые особые случаи электрофореза нуклеиновых кислот | 147 |
Электрофорез в геле агарозы тройного комплекса |
ДНК—РНК-полимераза—РНК | 147 |
Выявление мРНК при электрофорезе суммарной РНК в геле агарозы | 148 |
Использование жидкого (не сшитого) ПААГ | 149 |
Окрашивание нуклеиновых кислот после электрофореза | 150 |
Элюция нуклеиновых кислот из гелей | 153 |
Элюция из ПААГ за счёт диффузии | 153 |
Элюция из гелей агарозы | 154 |
Электрофоретическая элюция | 158 |
Перенос нуклеиновых кислот из геля на нитроцеллюлозные фильтры |
и диазобумагу | 162 |
Определение радиоактивности | 165 |
Препаративный электрофорез нуклеиновых кислот | 166 |
Литература | 168 |
|
Часть вторая |
УЛЬТРАЦЕНТРИФУГИРОВАНИЕ |
|
Введение | 174 |
|
Глава 1 |
Основные понятия теории седиментации | 175 |
|
Глава 2 |
Ультрацентрифуга | 177 |
Принцип действия и расположение важнейших узлов | 177 |
Проверка готовности основных систем к пуску | 179 |
Пуск центрифуги | 180 |
|
Глава 3 |
Роторы и пробирки | 182 |
Угловые роторы | 182 |
Пробирки для угловых роторов | 184 |
Уход за роторами и пробирками | 187 |
Роторы со свободно подвешенными пробирками (бакет-роторы) | 189 |
Роторы с вертикальными пробирками | 191 |
Максимально допустимая частота вращения ротора | 191 |
Зональные роторы | 193 |
Особенности эксплуатации и ухода | 197 |
|
Глава 4 |
Раздельное осажденме частиц (дифференциальное центрифугирование) | 199 |
|
Глава 5 |
Зонально-скоростное центрифугирование | 201 |
Константа седиментации | 203 |
Изокинетический градиент плотности | 204 |
Выбор среды | 206 |
Характеристики растворов сахарозы | 210 |
Профиль градиента сахарозы | 213 |
Создание градиента плотности сахарозы | 214 |
Наслоение препарата на градиент | 219 |
Фракционирование («раскапывание») градиента | 220 |
Выбор режима центрифугирования | 223 |
Некоторые примеры центрифугирования в градиентах сахарозы | 232 |
Фракционирование рибонуклеопротеидов | 232 |
Фракционирование РНК | 235 |
Фракционирование ДНК | 237 |
|
Глава 6 |
Равновесное (изопикническое) центрифугирование | 240 |
Способы образования и общая характеристика градиентов плотности | 241 |
Выбор соли для создания градиента плотности | 247 |
Градиенты плотности растворов CsCl | 250 |
Преформирование градиента | 251 |
Равновесное центрифугирование в угловых роторах | 253 |
Центрифугирование в роторах с вертикальными пробирками | 257 |
Фракционирование и детектирование равновесных градиентов | 258 |
Примеры центрифугирования в градиентах плотности растворов CsCl | 259 |
Градиенты плотности растворов Cs2SO4 | 263 |
Градиенты плотности трихлорацетатов цезия и рубидия | 267 |
Градиенты плотности растворов KI и NaI | 268 |
Градиенты плотности растворов метризамида | 270 |
|
Глава 7 |
Центрифугирование в зональных роторах | 275 |
|
Литература | 277 |
Предметный указатель | 279 |